Kirkjan var vígð árið 1961. Viðir hennar komu úr gömlu baðstofunni á Silfrastöðum í Skagafirði, en þeir höfðu áður verið hluti af kirkjunni á sama stað. Sú kirkja var reist 1842 og var með síðustu torfkirkjum reistum á Íslandi. Þegar ný kirkja leysti hana af hólmi árið 1896 var hún tekin ofan og endurbyggð sem baðstofa, þar var búið fram yfir 1950. Meðal kirkjugripa má nefna upprunalegan predikunarstól úr gömlu kirkjunni, sem fékk nýtt hlutverk sem búrskápur þegar kirkjan varð að baðstofu. Þar eru einnig lánshlutir s.s. altaristafla frá 1720 og ljóshjálmur gamall. Kirkjan er vinsæl fyrir athafnir, sér í lagi brúðkaup.
Í Skagafirði má finna tvö gömul guðshús, annars vegar Grafarkirkju á Höfðaströnd og svo Víðimýrarkirkju. Kirkjusmiður Víðimýrarkirkjurvar Jón Samsonarson, en hann var jafnframt kirkjusmiður gömlu kirkjunnar á Silfrastöðum. Gamla kirkjan á Silfrastöðum var reist 1842 og fylgdi þeirri hefð að hafa tvenn skilrúm milli kórs og kirkjuskips. Í endurgerðinni á Árbæjarsafni hefur öðru kórþilinu verið sleppt. Í kór áttu sæti heldri bændur, kirkjubóndinn, meðhjálpari og hreppstjórinn auk nefndarbænda. Milli kórs og kirkjuskips var stúkan en þar sátu eiginkonur þeirra bænda sem áttu sæti í kórnum. Aðrir meðlimir safnaðarins sátu í kirkjuskipinu og samkvæmt gamalli venju sátu karlmenn sunnan megin í kirkjunni en kvenfólk norðan megin.
Kirkjan, sem var bændakirkja, var tekinn ofan 1895 en þá var hún farin að láta á sjá. Ný kirkja var reist og er önnur tveggja guðshúsa á Íslandi sem er átthyrnd, en hin er á Auðkúlu í Húnaþingi. Sami kirkjusmiður er að báðum kirkjum, Þorsteinn Sigurðsson. Kirkjuviðirnir úr gömlu kirkjunni voru nýttir í nýja baðstofu sem reist var á Silfrastöðum. Var baðstofan þó einu stafgólfi (þ.e. lengd milli tveggja stoða) styttri. Predikunarstóllinn fékk einnig nýtt hlutverk og varð búrskápur. Búið var í baðstofunni til 1954 þegar heimamenn fluttu sig yfir í nýtt íbúðarhús. Baðstofan stóð þó áfram og árið 1959 voru viðirnir gefnir Árbæjarsafni. Skúli Helgason tók baðstofuna niður og endurreisti sem kirkju á safninu og var hún vígð af biskupnum yfir Íslandi árið 1961.
Viðir gömlu baðstofunnar voru margir fúnir og lítt nothæfir en þó var grindin eða laupurinn að mestu heil. Skúli bætti við stafgólfi svo kirkjan yrði jafn löng og áður. Auk þess skar hann út vindskeiðar til að prýða kirkjuna og hafði sem fyrirmynd vindskeið sem Þjóðminjasafnið varðveitir. Jafnframt smíðaði Skúli nýja bekki en ein brík (þ.e. gaflhlið) hafði varðveist og var höfð sem fyrirmynd. Predikunarstóllinn var gerður upp og þjónar nú aftur sínu gamla hlutverki.
Meðal gripa í kirkjunni er ljóshjálmur sem var áður í Dómkirkjunni í Reykjavík og altaristafla sem fengin er að láni frá Þjóðminjasafninu og er máluð 1720.
